La question des MGF (mutilations génitales féminines) ne figure pas dans la bible, mais cela ne veut pas dire que l’Eglise orthodoxe n’a pas une opinion vis-à-vis de ce sujet. Un manuel scolaire de religion chrétienne basé sur l'orthodoxie publié par l’éducation nationale égyptienne et donc enseignée aux élevés chrétiens en Egypte, exprime l’opposition du christianisme avec cette pratique strictement culturelle. Cela est dû au fait que l’excision s’oppose aux valeurs et croyances de la religion puisque, d’après l'orthodoxie, Dieu a créé l’homme sous une forme parfaite,  à son image; chaque membre du corps a une fonction particulière, précieuse et utile ; les MGF sont donc considérées come une déformation du corps.  L’homme n’a donc pas le droit d’intervenir dans la modification de la création sacrée de Dieu : « ou bien ne savez-vous pas que votre corps est le temple du Saint-Esprit qui est en vous et qui vous vient de Dieu, et que vous n'appartenez pas ? » (1 Corinthiens 6 : 19) « Si quelqu’un détruit le temple de Dieu, Dieu le détruira. Car le temple de Dieu c’est saint et ce temple c’est vous » (1 Corinthiens 3 : 17). Dans ce chapitre du manuel figure aussi la dénonciation de l’idée que l’excision conserve la chasteté et la pureté de la fille avant et après le mariage, puisque la chasteté ne part pas du corps mais du cœur, de la volonté et de l’esprit « L’homme bon, de son bon trésor retire de bonnes choses : l’homme mauvais, de son mauvais trésor retire de mauvaises choses » (Matthieu 12 : 34).